2017. november 23. csütörtök
Kelemen, Klementina
Biotechnológia, molekuláris biológia és élettan az mRNS.hu-n

Az info@mrns.hu-ra küldhet linket vagy valamilyen anyagot, amit szeretne, ha hírként bemutatnánk.


Korábbi híreink  |   Keresés:

Kiválasztott hír:
Megosztás: Add az iWiW-hez Add a Facebook-hoz Add a Twitter-hez Add a Google Reader-hez Add a Startlaphoz
CrAssphage egy közönséges új vírus - 2014-07-31 21:41:36 Hozzászólás írása Hozzászólások száma 0 hozzászólás 
CrAssphage egy közönséges új vírus


Egy nemzetközi kutatócsoport a múlt héten jelentette be a
Nature Communications folyóiratban, hogy egy eddig ismeretlen vírust fedeztek fel az emberi bélrendszerben. Ez a baktériumokat fertőző vírus (fág) a becslések szerint az emberi népesség felében megtalálható. A bejelentés több szempontból is érdekes. Egyrészt demonstrálja, hogy nem kell extrém környezetben keresgélni új vírusok után; az emberi ürülék is tartalmaz még felfedezni valókat. A minket körülvevő mikrobák és vírusok világa még mindig terra incognita, ahogy azt ez a fenti cikk is megerősíti.

Nagyon keveset tudunk még arról is, hogy az emberi testben milyen mikrobiológiai közösségek vannak, így a bélflóra egyfajta “biológiai sötét anyagot” képez. Tudjuk, hogy az emberi szervezet számára jelentős, csak épp azzal nem vagyunk tisztában, hogy mit tartalmaz, vagy hogy pontosan hogyan hat, mi a szerepe. A másik, a cikknek  érdekesebb része a “metagenomics” alkalmazásának leírása új vírusok felfedezésére nyilvános adatbázisok felhasználásával.

A metagenomics egy viszonylag új tudományág. Amíg a tradicionális mikrobiológia egyes organizmusokra fókuszál, amelyeket a környezetüktől izoláltan, klonális kultúrákban vizsgálnak, a metagenomics a környezetből (folyóvíz, testváladékok, földminták, stb.) izolált genetikai anyagot vizsgálja, hogy jobban megismerje a mikrobiológiai közösségeket az adott környezetben. (A becslések szerint a természetben megtalálható baktériumok nyolcvan-kilencven százaléka nem, vagy csak nehezen tartható kultúrában, így ezekről alig tudunk valamit; vírusok esetében még rosszabb az arány.)

A metagenomics a jellegéből adódóan nagyon is függ a legmodernebb szekvenálási technológiáktól, és a bioinformatikai elemzés persze óriási számítógépes hátteret igényel. A cikkben is használt “shotgun metagenomics” a “shotgun DNS szekvenálási módszerre” épül. Ezzel az eljárással nagy mennyiségű, random DNS szekvenciához jutunk, amelyet bioinformatikai eszközökkel “illesztenek össze”. Ezeket a szekvenciákat összehasonlítják azokkal az adatbázisokkal, amelyek az ismert baktériumok és vírusok szekvenciáit tartalmazzák, így meg lehet határozni milyen ismert fajok vannak jelen a mintában, illetve az ismeretlen szekvenciák vizsgálatával új fajokra bukkanhatunk. (Legtöbbször a kutatók az ismeretlen szekvenciákat általában “ismeretlen” kategóriába helyezik, és utána elfelejtkeznek róluk.) Mindenki egyetért azzal, hogy ezekben a szekvenciákban található a gyorsan evolválódó és valószínűleg alulreprezentált vírusok genetikai anyaga, mégis kevesen foglalkoznak ezekkel. A cikk szerzői abból indultak ki, hogy ezek a gyakran figyelmen kívül hagyott szekvenciák aranybányát jelenthetnek a bioinformatikusok számára.


A szerzők tehát újraelemeztek egy adatbázist, amely tizenkét ürülékminta metagenomját tartalmazta. Ebben egy addig ismeretlen bakteriofág szekvenciára bukkantak, amely hatszor nagyobb mennyiségben volt jelen, mint az eddig ismert összes bakteriofág együttvéve. Az új fág a crAssphage nevet kapta. Megvizsgálva a lehetséges gazdaszervezetek genomját, úgy találták, hogy a Bacteroides nemzettségbe tartozó baktériumok a leginkább valószínű gazdái a vírusnak, ugyanis ezekben a baktériumokban találták a crAssphage-ra jellemző szekvenciákat a bakteriális immunitásért felelős CRISPR genom szakaszokon.

Megvizsgálva a nyilvános metagenome adatbázisokat, a kutatók úgy találtak, a vírus a vizsgált emberi minták körülbelül felében megtalálható. Azt nem tudjuk meg, hogy a vírus milyen szerepet játszik a bélflórában. Mivel a vírus gazdaszervezete bélbaktérium, ezért biztosan nem emberi patogén, de komoly szerepet játszhat a baktériumflóra szabályozásában. A cikk mindenesetre rávilágított arra, hogy még egy igencsak elterjedt és gyakori vírus is hosszú ideig ismeretlen maradhat, ha nem a megfelelő eszközökkel keressük.

Forrás: Nature, kép

2014. július 31.

Donászi András


Cikk ajánlása » email:
Hozzászólás írása
Hozzászólás
 

Értékelések száma: 5, Cikk értéke (1-10):


Értékelje ezt a cikket! 


Hirdetés
Email cím:
Jelszó:

Regisztráció »
Elfelejtett jelszó »
Portálunk oldalai megfelelnek az egészségügyi információk megbízhatóságát és hitelességét garantáló HONcode előírásainak. Ezt: itt ellenőrizheti
Portálunk oldalai megfelelnek az egészségügyi információk megbízhatóságát és hitelességét garantáló HONcode előírásainak. Ezt:
itt ellenőrizheti
.
Oldal ajánlása (email):
Az ajánlót küldi (név):
Hirdetés